Po končani glasbeni šoli v Kopru pri prof. Marijanu Kocjančiču in Srednji pedagoški šoli Koper je zaključila Pedagoško akademijo v Ljubljani (smer razredni pouk) in hkrati Srednjo glasbeno in baletno šolo v Ljubljani pri prof. Jožetu Pogačniku. V treh letih je zaključila študij flavte na Akademiji za glasbo v Ljubljani v razredu prof. Fedje Rupla. V času šolanja je na številnih tekmovanjih v Sloveniji in nekdanji Jugoslaviji dosegala visoke nagrade in priznanja v disciplinah kljunasta flavta, flavta in komorna igra. Izpopolnjevala se je na Accademia del flauto v Rimu pri prof. Raymondu Guiotu ter hkrati opravila podiplomski študij na Ecole Normale de Musique v Parizu pri prof. Christianu Cheretu. V Parizu je za študij prejela najvišja priznanja in diplomo odličnosti. Septembra 2006 je zaključila magistrski študij na Akademiji za glasbo, smer Specialna didaktika flavte pod mentorstvom prof. Fedje Rupla in dr. Branke Rotar-Pance ter si pridobila naziv magistrica znanosti.

Poleg samostojnih koncertov in nastopov v Sloveniji se je predstavila na Hrvaškem, Srbiji, Italiji, Nemčiji, Avstriji, Franciji, Malti, Črni gori, Švici in na Madžarskem. Sodelovala je z orkestrom Opere in baleta Ljubljana, z godalnim orkestrom “ Camerata Labacensis”, kot solistka ter stalna članica z Obalnim komornim orkestrom, kvartetom flavt Quatuor de Flûtes de Paris (Francija) in številnimi domačimi ter tujimi glasbeniki in umetniki. Izdala je zgoščenko “Dih življenja”, na kateri je združila zvoke flavte z zvoki narave ter s pevko Shirlie Roden izdala zgoščenko “ Angelski zvoki”, ki vsebuje stare ljudske pesmi. Snemala je z Obalnim komornim orkestrom, različnimi komornimi zasedbami ter solistično za RTV Koper-Capodistria, RTV Slovenija, Radio Malta, …

Alenka Zupan poučuje flavto in komorno igro na Glasbeni šoli Koper in Umetniški gimnaziji Koper, kjer je z učenkami in dijakinjami dosegla vrsto izjemnih uspehov na tekmovanjih doma in v tujini. Vodi številne seminarje v Sloveniji, Italiji, Hrvaški, Črni Gori, Bosni in Hercegovini, Argentini, Braziliji … ter je izdala tri priročnike za flavto z naslovom “Vaje za flavto”.